1542-1553. Médico en Vienne del Delfinado

Durante sus doce años de residencia en Vienne, el periodo más largo de tranquilidad en su ajetreada vida, Miguel Servet hizo fama y fortuna como médico y, al mismo tiempo, continuó trabajando como corrector de pruebas. En 1542, publicó una nueva edición de la obra de Ptolomeo suavizando algunos de los comentarios que anteriormente habían ofendido. Más tarde, preparó una edición de la Biblia de Pagnino, completada en siete volúmenes en 1545. Su introducción y las notas anticipan una crítica bíblica moderna y muestran un avance significativo en el grado de sofisticación si se compara con el de las obras teológicas de sus inicios.

A la vez, Michel de Villeneuve, Miguel Servet, continuó cultivando su interés por la teología con la preparación de su principal tratado teológico, Christianismi Restitutio (La Restauración del Cristianismo). En 1546 inició una fatídica correspondencia secreta con su viejo conocido Juan Calvino. En esa época, Calvino, autor de Institutio Christianae Religionis (Institución de la Religión Cristiana) en 1536 y destacado sacerdote reformador de Ginebra, era la figura más prestigiosa del brazo reformador del protestantismo.

La obra teológica de Calvino apenas había hecho mención a la naturaleza trinitaria de la divinidad hasta que en 1537, otro reformador, Pierre Caroli, acusó a Calvino de ser un arriano. Aunque fue absuelto de ello por un sínodo de Lausana, Calvino, a partir de ese momento, estuvo alerta y decidido a contestar con severidad las desviaciones que se produjeran respecto a esta parte de la ortodoxia. El asunto, asociado a recuerdos dolorosos, le resultaba desagradable. Miguel Servet, seguramente consciente de la falta de claridad sobre el tema en Calvino, le bombardeaba con cartas que insistían en mostrar concepciones poco ortodoxas y más radicales que aquellas que le había presentado hacía más de una década. Calvino le contestaba cada vez con mayor impaciencia y aspereza. Miguel Servent envió a Calvino un manuscrito de su todavía inédita Restitutio. Calvino le correspondió enviándole un ejemplar de su Institutio. Miguel Servet se lo devolvió con anotaciones insultantes. El día que Calvino interrumpió la correspondencia, escribió a su colega, Guillaume Farel, diciéndole que si Miguel Servet alguna vez se presentaba en Ginebra: "si mi autoridad sirve de algo, no le permitiré escaparse con vida."